Это своего рода сюжетная дыра.
Не было никакой причины, по которой он не мог получить EMS, он убил Фугаку, у которого был MS, а у Итачи он уже был в то время.
Но способности Итачи были очень сильными, и если позволить ему спамить ими, это сделало бы его слишком ОП, недоступным для Саске.
Так что ему лучше было их не иметь.