Есть много причин:
- Использование тела Белого Зецу, чтобы прикрыть его, заставило его казаться иметь другой тип телосложения.
- Он носил маску.
- Его боевой стиль принципиально отличается, потому что он максимизирует его Камуи/неприкасаемость.
- С тех пор он обучался либо у Мадары, либо по указанию Мадары.
- Прошло много времени с тех пор, как Обито «умер», помните, что Минато в последний раз видел его, когда он был еще маленьким ребенком, едва закончив академию. Минато даже не видел Обито с его Шаринганом.
- Тот факт, что Обито должен был быть мертв.
- Что он называл себя Мадарой Учихой, обладая такой уникальной способностью.
- Тот факт, что он напал на деревню (Минато не знал о какой-либо обиде Обито на деревню).
- Минато был отвлечен Кушиной (и благополучием Наруто).
- Минато был отвлечен Девятихвостыми, разгуливающими по деревне, и хотел, чтобы все закончилось как можно скорее.
- Когда Минато знал его, у Обито не было никаких специфических для Обито дзюцу.
- Обито был непунктуальным, беспечным и нерассчитывающим недотепой. Не то, что Минато видел в этом «Мадаре».
Так что да. На самом деле было бы еще более странно, если бы Минато узнал Обито.