Рин стала Джинчурики не более чем на часы. После того, как ее похитил ниндзя Кири, Какаши спас ее, и вскоре она умерла. Поскольку Минато выполнял другую миссию, можно с уверенностью предположить, что Минато тогда не знал.
Позже, конечно, вполне вероятно, что Минато узнал об этом, когда понял, что Рин мертва, и выяснил, почему и как.